发电效益受损： 水资源是水电站的“总燃料”。西线工程计划在上游大量引水北上入黄河，会导致下游水电站无水可用或水量锐减。

加剧省内工程性缺水： 四川本地的成渝经济区、川中丘陵地区同样长期受困于干旱和“工程性缺水”。省内专家认为，在自身尚且缺水的情况下，强制将上游水源大规模调往北方，属于“挖肉补疮”。

生态红线危机： 西线一期工程规划的调水量占调出区年径流量的比例极高（甚至有分析指部分河段接近40%的警戒线）。这会导致长江上游部分河段在枯水期出现严重生态脱水，严重威胁长江流域的生物多样性（如珍稀鱼类洄游）和下游的自净能力。 [1, 2]

诱发强震与地质灾害： 调水区位于鲜水河、安宁河等高烈度地震带上。规划中长达数百公里的超深埋引水隧洞和高坝蓄水，极易在施工和运行期引发塌方、透水及诱发破坏性地震。 [1, 2, 3]

高寒冻土与极端气候： 四川民间考察队曾指出，西线调水区海拔在3500米以上，冬季严寒，存在高山河流封冻、输水涵洞冰凌堵塞等严重的天然技术盲区，可能导致冬春枯水期根本无法实现调水目的