改革前，俄罗斯总参谋部虽名义上隶属于国防部，但在某种程度上兼任国防部第一副部长的总参谋长却享有同国防部长“平起平坐”的地位。

1998年版的《总参谋部条例》规定，总参谋部是“俄联邦武装力量的中央军事指挥机关和基本的作战指挥机关”，1996年版的《国防法》规定，“由总统批准《国防部条例》和《总参谋部条例》”。这种情况导致国防部长与总参谋长之间的“将帅之争”时有发生。

2001年春，时任俄军总参谋长的克瓦什宁大将与俄罗斯国防部长谢尔盖耶夫元帅之间矛盾爆发。从表面上看，这是总参谋长与国防部长在重点发展常规力量还是核力量之间的争执，而深层次的原因却是国防部与总参谋部之间关系的体制问题——“双长制”造成的权力斗争严重降低了国防