正当美国海军努力解决LCS濒海战斗舰可靠性问题时，又面临另一个大问题——运行成本。据《防务新闻》获得的数据显示，美国海军濒海战斗舰的满载排水量不超过3000吨，其每年运行成本约为7000万美元，而一艘排水量8000到9000吨级的阿利·伯克级驱逐舰，年运行成本约8100万美元。若无法控制成本，这两款战舰的作战费用将几乎相同。

　　据美国《防务新闻》4月12日报道，美国海军高级官员表示，最初构想的最少人员配置模型已经推高了LCS濒海战斗舰运行成本（该原始设计是每艘LCS舰保持32名水手和8名军官的最小编制，并由承包商负责大部分维护工作）。

　　报道称，自从引入LCS濒海战斗舰，原定编制的40人增加到了50人