渚碧礁原为一近似梨形的封闭形环礁，呈东北-西南走向，长约6.5km，宽约3.7km，面积约 16.1km2。礁内湖水深10～22m，最大水深24m，面积7.05km2。礁坪西宽（500～800m）东窄（约200m），通常水深只有 2～3m。

礁外水深急陡，湖内有碎浪，原本没有入口，礁盘上有部分低潮时露出水面，涨潮淹没。2012年8月，新的大规模施工已经开始，位置在东北礁坪上，具体未知。