最早是由台湾媒体曝出：俄罗斯也有台当局派驻的特务。台湾《中国时报》曾披露，台湾驻俄代表处工作人员马美强2000年在莫斯科被杀。后来调查显示，此人原是台“军情局”特务，曾两度被派往大陆搜集情报，后被派到俄罗斯。当时就有媒体指出，马美强是在搜集中国大陆苏-27战斗机改进型情报，很可能因此被俄罗斯或中国的特务机关暗杀的，因为或许他切实掌握了相关绝密资料。台“军情局”核准马为“作战死亡”，并将其骨灰安放在该局内部的“忠烈堂”，马也成为40年来台当局承认的惟一一个在海外死亡的“军情局”特工。在马美强之后，台湾当局也曾经派遣一名女间谍直接赴沈阳，妄图再次刺探大陆苏27情报，据悉该女子年轻貌美被台情报系统内部成为绝色间谍，但后来这一行动不了了之，不知道该女谍是否财色双失，后来这一计划就逐渐淡出了台湾媒体的视野。

另外，台驻巴布亚新几内亚代表谢化成，任前在台“国安局”服役多年，还干过“国安局驻美国安全组组长”。在谢化成之前，前“国安局”副局长马履绥，也曾担任驻巴布亚新几内亚代表。而目前为台“国安局”中将“特派员”的陈岭珊，更是多次担任驻外职务，包括驻韩国代表处“武官”及“参事”、驻美国代表处少将顾问、驻印尼代表处中将顾问等。

　　陈水扁上台后，“特务外交”更是搞得变本加厉。2003年1月，曾任日本情报本部计划部长和日本驻华使馆武官的长野阳一，以提前退役的方式到台北“日本交流协会”就职。台当局则于同年2月派现役中将王伟先到东京“台北经济文化代表处”任职，此人原是台“国安局国际关系事务主管”，谍报道行颇深。

王伟先到日本后，行动十分诡秘，除几次促成日本退役将官访台外，媒体再也捕捉不到他的信息。但通过2005年发生的一件事，就足见其在日本的“能量”有多大了。2005年8月底，有个叫黄德中的台“国安局”特务，在日本一家俱乐部宴请一名日本退役将领，其间俱乐部的女招待一再打断两人的谈话，向黄表示该结账。喝醉酒的黄德中二话不说，挥拳就打向女招待，并与前来劝架的店员大打出手。后来日本警方以现行犯逮捕了黄。就在事态变得严重之时，黄的妻子连夜找到王伟先求援。第二天一早，王伟先只是打了几个电话就三下五除二摆平了此事，令在场的晚辈特务们瞠目结舌。

当年年底，王伟先调回台湾，升任“国安局”副局长，“特派员”职务由蔡得胜接任。蔡得胜原是“国安局国际情报处”处长，也是一个特务老手，深受台“国安局长”薛石民器重。今年元旦，还没来得及赴日就任的蔡，就被晋升为中将，可见台当局的“良苦用心”。

 2003年11月30日，陈水扁在台湾高雄县“扁友会”成立大会上宣称，大陆在沿海600公里范围内，共部署了496枚导弹，其中在江西乐平、江西赣县和广东梅州各部署96枚，福建永安144枚，福建仙游64枚，且部署数量一直在不断增加。这是陈水扁第一次“精确”地说出大陆导弹部署位置和具体数量。陈水扁这番讲话一出，就立即引起了大陆安全部门的高度警觉，他们迅速采取措施，部署侦查行动，其中第一步就是锁定嫌疑人。由于导弹均部署在偏僻的农村地区，那里商业活动并不活跃。经调查，大陆安全部门很快就锁定了一批行动诡秘、在这些地区出入异常的“台商”。他们虽然公开身份是商人，但进一步调查发现，其行为都与正常商人不符。对这些情况进行了汇总分析后，大陆安全机关确认了他们的间谍身份。分析人士认为，台湾在大陆的情报网络目前大半已近瘫痪。