一、原冀察战区部队鲁西游击区 
原冀察战区游击部队于1940年3月退出河北境内，以鲁西为基地，继续游击。1942年春，战区总司令部仍位于鲁西濮县。战区总司令高树勋兼任第39集团军总司令，辖新编第8军、69军。4月下旬，日军分途向高部进攻。高部全力反击，相持至5月14日，战区主力向菏泽、观城间转移。总司令部退至定陶以东的侯集。6月初，日军分三路向单县东北的曹马集一带围攻，砀山日军北进，均被击退。3日，高军一部从杨集车站（虞城东）以西越陇海铁路南移。次日，高部在夏邑千佛阁将日军击退，自身伤亡1100人。此后，战区留置第181师于单县、丰县地区，并指挥鲁西及砀山、丰县地方团队继续在鲁西游击，其余各部越过陇海路向皖北涡阳转移。汤恩伯所部向陇海路沿线攻击，予以接应。 

二、第一战区太行山游击区 
1942年春至1944年秋，冀察战区司令长官由第一战区司令长官蒋鼎文兼任。第24集团军（庞炳勋，后蒋鼎文兼任）之新编第5军（孙殿英）、第40军（先庞炳勋兼，后马法五兼）、第27军（刘进兼任）在太行山、中条山一带苦战。 
1940年后，第一战区太行山根据地实施游击作战，击退日军数次进攻。自1941年中条、太岳两游击根据地先后被日军攻陷，太行山成为冀鲁豫边区国民政府军唯一据点。1942年6月11日，日军向太行山国民政府军围攻。太行山部队在林县、陵川、临淇（鹤壁西）、东姚集（鹤壁西南）各据点附近与日军激战。日军付出极大代价，虽一度攻陷各据点，但待日军兵力分散后，太行部队利用优良地形和山区民众的协助，于7月上旬逐次反攻，深入之敌被迫撤退，日军占据之各据点相继收复。7月15日恢复战前态势。 
1943年4月，日军抽调5万余兵力、50余架飞机，集中于太行山四周。其华北方面军司令官冈村宁次亲至新乡指挥对太行山根据地的围攻。时第24集团军庞炳勋指挥马法五军于林县附近，孙殿英军于临淇镇东南地区，刘进军于陵川方面，共同迎击来犯之敌。各路守军奋勇抵抗，终因兵力相差悬殊，陵川于4月17日晚失守。庞集团军损失颇重。22日，日军攻陷林县、临淇两据点，同时陵川日军亦步步深入，日军合围态势形成。为保存实力，庞集团军以一部分留置山区游击，主力向外转移。新编第5军军长孙殿英在临淇镇以西中敌埋伏而被俘，所部大部被日军冲散。刘进军、马法五军与日军苦苦周旋，继续游击。庞集团军总部因突围，与各部失去联络。28日，刘进军最后据点夺火镇（陵川南）复陷。马法五军坚守多日的东姚集亦于4月30日被迫放弃。 
日军搜索山区。时庞炳勋因腿部旧创复发，行动不便，避居临淇镇附近的东峡垴，5月6日为敌侦知而被俘，被挟往新乡。日军命其写招降书招降第40军副军长李振清，庞拒绝。日军伪作庞令，又为李振清军全体将士拒绝。据白崇禧回忆，庞炳勋在新乡密派亲信人员告第40军李振清军长，协同第27军刘进部队继续游击。李振清军协同刘进军继续作战。 
1943年7月上旬，日军对守军作第三次猛攻。此时马法五军已调河南整补，只留刘进军于太行山孤军苦斗。军事委员会特命第27军军长刘进为太行山游击总司令。该军仍回旋于陵川一带与平顺、壶关间山区，继续游击。至7月10日，该军主力被日军各个包围攻击，伤亡很大。刘进率部突出重围，绕攻敌后。该部向西突进，与八路军一部遭遇摩擦。刘进率该军第46师主力绕经夺火镇向西突进，沿途不断与八路军遭遇，发生摩擦。军事委员会乃令该军撤回黄河南岸。8月1日，部队南渡完毕。至此，国民政府军在冀、察两省基本上已无活动。太行山区只留有八路军与日军对峙。 

三、第一战区河南地区 
第一战区独立游击第八支队分别由董良俭、王国然任正、副司令，曾活跃于新乡一带，在平汉路沿线开展游击，后向太行山南麓转移。司令部设于辉县石门口，1941年初迁至修武县柿园村。夏，该部集中到荥阳县史村，改编为独立第16支队，调郑州以北花园口、京水口一带，执行邙山以东河防任务。1942年冬，第一战区司令长官部将其改编为河北挺进军，再次进入黄河北岸游击，刘国勋与王国然分任正、副指挥。其余各部，除第一团编入汤恩伯军第12旅外，扩编为13个支队。王国然率原第八支队之张昆峰部进入封丘、长垣、滑县、原武、阳武等县活动。第10支队岳得功部在获嘉、武陟一带与日军多次激战。武陟汤王堤村一战，击毙日军第35师团关根井一郎联队长，毙伤日伪军数百人。1944年春，岳得功在嵩山一带组织“国民革命军胜利集团军”。第一战区司令长官胡宗南任其为第17纵队司令，河南省政府主席刘茂恩令岳兼任郑州专区十余县联防抗日指挥官。岳率部随王国然在郑州、荥阳、密县边区抗日。抗战胜利时，胡宗南曾派岳为先遣军司令入郑州受降。 
1944年8月下旬，豫中会战后，临汝县县长毛汝林联合临近5县游击队，兵力约1000人，从事抗日活动。10月10—12日，第12军（贺粹之）暂编第55师（王守正）正拟攻击伊阳，与日军发生遭遇战。 

四、第二战区 
太平洋战争爆发后，第二战区为掩护部队整训，准备反攻，随时以游击战的方式对敌袭击。1942年3月27日，蒋介石手令各战区设立混成破坏队，破坏敌伪设施，牵制敌伪兵力。5月，为突破日军对征运粮食的封锁，第二战区吕梁山根据地各部对日军展开反击。第34军军长王乾元率该军及第4游击纵队在荣河、猗氏、万泉、安邑、闻喜、夏县等地，施行广正面游击。6月间，王乾元军长负伤，第54师师长王凤山殉国。7月24日，暂编第43师新收编之王文虎部20余人潜入夏县地区内，与反正的伪军一起袭占夏县县城。 
1943年3月27日，暂编第59师特工队潜入永济城内，焚坏日军仓库。 
1944年2月1日，第二战区遵军事委员会令，派第61军梁培璜部及暂编第39师东渡汾河，经浮山进击上党，在浮山境内受阻。3月16日，军委会电令梁军速进长治，控制晋东；另以一部由稷山向晋南三角地带进袭，策应第一战区作战。8月底，第二战区令史泽波军之第68师及挺进第2纵队进入浮山。浮山日军向战区东进各部攻击，梁培璜军之暂编第48师迎战不利，向浮山东南地区转移，伤亡与失踪共2000余名（《抗日战史·晋绥游击战》）。 

五、第八战区 
1941年12月，第八战区朱绍良遵军事委员会令，命伊克昭盟黄河右岸部队及大青山游击队深入敌后游击。绥包日军不时进攻，绥远部队积极抗击。1942年6月6日，袁庆荣师在向马边湾增援途中与日军在万盛隆遭遇，激战伤亡甚重，日军联队长渡边战死。 
第八战区绥远部队不断向日军袭击。1942年9月5日，五原东南的晋察绥边区挺进军（邓宝珊）骑兵第2纵队第4支队由五原东进，经固原、五川深入敌后，9月底到达察哈尔省张北、商都中间地区，与当地游击队会合，向敌袭击，11月初折返原防。 
10月，傅作义在绥远省组织混成队，派遣官兵400余人混入敌占城镇机关，发动大规模暴动，不少人被敌捕获，多数人不惜牺牲，达成任务。 
1943年2月14日，骑兵第5挺进纵队一部在武川西与敌战斗，诱击、伏击敌军。骑兵第1纵队第1支队击退日军黑石部和伪军对大青山游击根据地的联合进攻。3月，绥远安北等地游击队割断电线，使日军电信中断。6月上旬，新编第32师在包头西南击退日军进攻。大青山根据地游击部队反复击退日军优势兵力的围攻。 
1944年9月，日军围攻大青山游击根据地，经分别阻击，予以击退。10月下旬，日军回窜。绥远部队积极开展对伪军的策反工作，亦取得不少成效。 
自1945年3月起，绥远日军逐渐放弃次要据点。各游击队趁机向平绥路进行袭击。1945年7月，军事委员会将绥远划为第十二战区，傅作义任战区司令长官。日本投降时，傅为第十二战区受降长官。 

六、鲁苏战区 
1942年春，鲁苏战区总司令部位于鲁南沂蒙山区内。牟中珩接任总指挥兼山东省政府主席，所部为第51军。该战区部队对日军袭扰，日军对之进行扫荡。其时第51军内部发生分化。1942年8月4日，第111师旅长万毅发动师长常恩多投向八路军。是年冬，莱阳之暂编第12师遭日军围攻，加以与八路军之间发生摩擦，几乎全部覆灭。1943年2月18日，鲁南新编第四师师长吴化文投敌。 
1943年5月12日，日军向沂蒙山区围攻。牟中珩军迎击。战至15日，沂水附近及蒙阴东北之守军向南突围，遭日军截击。牟军奋勇反击，杀伤日军甚多。19日，日军撤退。时八路军占领沂蒙山区，国共两军间发生摩擦，鲁南行署（设于安丘）主任秦启荣阵亡。牟中珩军向皖北转移。牟中珩辞去山东省政府主席的兼职，何思源接任。山东省政府迁驻寿光县城。省政府指挥保安队张景月部两团向日军游击。 
苏北方面，坚持抗日游击作战的国民政府军原有韩德勤、李明扬、李长江等部。自各部与进入苏北的新四军之间于1940年在泰兴黄桥、泰州姜堰、海安曲塘、宝应曹甸发生摩擦战斗后，战力削弱。1941年3月，高邮、宝应日军攻陷江苏省政府所在地兴化县城。韩德勤部人员向淮东转移。 
1943年2月13日，日军向第89军（顾锡九）发起进攻，主力猛攻凤谷、车桥两据点。经顾锡九军各部分别阻击，激战至20日。守军除留置一部于原地阻击日军外，主力分向阜阳及淮泗区转移，沿途复遭日军袭击，激战月余，伤亡很重。韩德勤部在新四军掩护下退入淮海抗日根据地。 
继而，新四军彭雪枫师、黄克诚师与鲁苏战区韩德勤副总司令部、独立第6旅、保安第3纵队之间又发生摩擦冲突。独立第6旅旅长李仲贤、保安第3纵队队长王殿华战死。官兵伤亡3000人以上。至3月中旬，韩部转移至安徽省阜阳附近。至此，国民政府军苏鲁战区在苏北的根据地全部丧失。苏北敌后至此只有新四军活动。 

七、第五战区大别山游击根据地 
第五战区鄂皖根据地策应第三次长沙会战，于1941年12月19日发起广泛游击，平汉路附近各部向应城、随县、安陆、花园、孝感、白螺矶等地袭击，津浦路附近李仙洲军等部分向合肥、含山、滁州、怀远、蒙城、淮阳等地袭击，打击当面之敌，破坏交通。 
1942年夏至12月中旬，大别山以南地区部队不断向长江沿岸挺进，予日军威胁甚大。日军乃向大别山以南各城镇大举进犯，并改派冢田攻为驻武汉第11军司令官，担任该方面作战指挥。冢田攻于12月18日由南京飞汉口履任，座机经太湖县张家坪上空时，被中国挺进部队第138师击落，冢田与同机9名高级军官毙命。日军为报复，并寻觅其残骸，于23日开始对大别山根据地进攻。李品仙集团军各部在浠水、英山、罗田、麻城、立煌（今金寨）、商城逐次抵抗。12月下旬，日军先后攻陷麻城、罗田、浠水、广济、黄梅、宿松、太湖、潜山等地。至此，大别山以南各重要城镇被日军攻陷。 
其后，苏祖馨军主力反攻，收复潜山、太湖。日军另一部经英山东进，于1943年1月2日再陷太湖，续向东北前进。苏祖馨军主力逐次抵抗，战至1月5日，日军方退。安庆日军一部于1942年12月27日经练潭、高河埠北进，1943年1月4日陷桐城。苏祖馨军一部退守舒城以北的三十里铺一带。 
日军向北进攻，攻占光山、潢川、商城、立煌、桐城。各地守军与日军激烈战斗。1943年1月2日，日军攻陷立煌后，第五战区部队趁日军疲惫，展开反攻。日军5日西进，6日陷固始、商城，一部经英山向太湖东进。刘和鼎军与莫树杰军向商城反攻，刘汝明军第143师经平汉路向潢川挺进，以作策应。日军乃弃商城、固始，经光山、潢川西进。莫树杰军跟踪追击。信阳日军千余人东进罗山，接应西进日军，退向信阳。